青墩遗址博物馆展厅由序厅和三个篇章组成。

序厅以“源”为意向，拨开层层历史，象征青墩是江海文明之源。主题浮雕以大江，大海，大河为背景，以先民开琢玉凤表现《凤鸣青墩》主题，糅合《盘古开天》、《伏羲八卦》的传说，既表现了青墩文化折射着中华文明的诸多文明因子。又揭示青墩文化是江淮东部的文明起源。

第一篇章主题为“发现发掘，世人瞩目”。该篇章以大量珍贵历史资料、老照片和视频影音全面展示了青墩遗址从发现到发掘的详细过程。青墩遗址是1973年青墩大队在墩西开挖青墩新河时所发现的，村民在开挖河道时发现了大量的陶、石、骨器和麋鹿角、兽骨等古代遗物，随后南通博物苑开始对遗址作小面积试掘，1978年、1979年南京博物院又两次对青墩遗址进行了大规模的发掘。三次挖掘出土了大量的陶器、玉器、石器、骨器等，经考古界研究确定，青墩遗址是典型的江淮东部原始文化遗址，它的发现不仅解答了中国考古界长期困惑的“长江以北、运河以东地区的文明史从何时算起”的疑问，更将海安及其相邻地域的文明史向前推进了3000多年，为确认江淮东部存在独立的原始文化提供了有力的佐证。

第二篇章主题为“韶光照野，穿越千年”。该篇章以图文展板及互动数字多媒体相结合，分别以点、线、面方式，动静结合、场景互动结合、线下线上结合，充分展示了青墩遗址的特征与文化内容。
场景复原部分形象逼真地展示了青墩原始先民居住、耕作、捕猎、制陶等各方面生活场景，观众可由此了解五千多年前我们先祖的生产与生活，给观众以历史带入感，仿若走进古代青墩。图文展板部分也从青墩先民的衣食住行、驯养、器用、干栏起屋、墓葬、礼祀等方面辅以文字介绍。

实物展示区展示了青墩遗址的部分出土文物，不论是石器、陶器，还是玉器、骨角器，都是新石器时代晚期远古先民在滨江临海地带创造的最先进的生产或生活用具，其制作技巧，加工精度，审美水平，都令人惊叹不已。

第三篇章主题为“又见青墩，未来可期”。该篇章以青墩遗址的历史价值为基础，突出海安的区域特性，呼应海安的当代发展，重点展示了今日海安取得的各项经济和文化发展成就，揭示青墩遗址照见当下、启示未来的独特影响。